Une convention de réaménagement est le cadre contractuel qui précise les obligations de l’ANFR et du bénéficiaire du FRS. L’Agence doit apporter un financement selon un calendrier déterminé en contrepartie de quoi le bénéficiaire doit fournir à l’ANFR les moyens d’un contrôle de sa dépense.
Le dossier de demande est constitué par l'affectataire subissant le réaménagement. Un groupe de travail rattaché à la CFRS réunit les bénéficiaires potentiels de la convention de préfinancement du réaménagement). Lorsqu'un consensus se dégage sur les modalités d’intervention du FRS, la commission du FRS élabore les éléments associés au projet de convention soumis au conseil d'administration de l'ANFR.
L’avancement des conventions est examiné par la CFRS en présence de la tutelle et des acteurs concernés.