L’Agence gère le FRS qu'elle met en oeuvre sur la base des décisions de réaménagement de la Commission de Planification des Fréquences et du conseil d’administration de l'Agence.

A cet effet, à partir des éléments fournis par les affectataires, elle évalue les
dépenses et frais des opérations qui feront l’objet d’une prise en charge par le fonds.

Elle arrête les conditions financières et techniques des réaménagements et s’assure du respect de ces conditions, ainsi que du remboursement du fonds par les bénéficiaires du réaménagement. Cette activité s’appuie sur la
commission consultative du fonds de réaménagement du spectre (CFRS).

L’Agence assure également la gestion du FAN. A cet effet, elle détermine les zones géographiques d’intervention du fonds et évalue les dépenses et frais des opérations correspondantes sur la base d’une estimation des brouillages causés par les émissions étrangères.

A cet effet, elle réalise ou fait réaliser les études préalables sur site destinées à préciser ces estimations. Cette activité s’appuie sur la commission consultative du fonds d’accompagnement du numérique (CFAN).