La gestion de l'Agence est confiée au directeur général. Il est nommé par un décret du Président de la République après avis du président du conseil d'administration. Assumant la direction technique administrative et financière, le DG est garant de l'efficacité collective. La direction générale exerce les responsabilités juridiques et de communication de l'Agence, auxquelles s'ajoutent la gestion des affaires générales. Le siège de l'ANFR est à Maisons-Alfort.

• Les fonctions du DG,
• Les affaires générales.