L'ANFR est placée auprès du ministère en charge des Communications électroniques. Ses partenaires de travail quotidiens sont, au plan national, les affectataires, les opérateurs et les industriels.

Un affectataire de bandes de fréquences est un département ministériel, ou un établissement qui le représente, ou une autorité administrative indépendante ayant accès à une ou plusieurs bandes de fréquences :

• pour son usage propre dans le cas d'un département ministériel ;
• ou en vue de l'attribution de fréquences à des tiers dans le cas d'une autorité administrative indépendante (par exemple, l'ARCEP traite avec les opérateurs de télécommunication et le CSA avec les opérateurs de l'audiovisuel).

Cette définition peut être élargie à d'autres entités pour tenir compte des spécificités des espaces d'outre-mer (schéma représentant les affectataires).

Les représentants des affectataires siègent au conseil d'administration de l'Agence et dans les commissions consultatives qu'elle a créées.