Le conseil d'administration est composé de dix-huit membres et se réunit au moins trois fois par an. Outre des représentants du Conseil supérieur de l'audiovisuel et de l'Autorité de régulation des communications électroniques et des postes, il comprend des représentants des administrations, notamment de celles qui sont attributaires de bandes de fréquences, ainsi que des personnalités choisies en raison de leurs compétences, notamment parmi les acteurs du marché des communications électroniques (opérateurs, industriels...).

L'Agence est administrée par un conseil d'administration, composé de six personnalités choisies en raison de leur compétence, dont le président, auxquelles s’ajoutent les représentants des administrations et autorités administratives indépendantes suivantes :

• ministère de la Défense ;
• ministère de l'Intérieur ;
• ministère des Affaires étrangères ;
• ministère chargé des Communications électroniques ;
• ministère chargé de l'Espace ;
• ministère chargé des Transports ;
• ministère chargé de la Recherche ;
• ministère chargé du Budget ;
• ministère chargé des Départements et territoires d'outre-mer ;
• ministère chargé de la Communication ;
• Conseil supérieur de l'audiovisuel ;
• Autorité de régulation des communications électroniques et des postes.

Le président du conseil d'administration et les personnalités choisies en raison de leur compétence sont nommés par décret. Les représentants des ministères au conseil d'administration sont désignés par arrêté du ministère chargé des communications électroniques sur proposition de chacun des ministères intéressés. Le Conseil supérieur de l'audiovisuel et l'Autorité de régulation des télécommunications désignent chacun leur représentant. Les membres du conseil d'administration sont nommés pour une durée de cinq ans. En cas d'interruption de leur mandat, ils sont remplacés pour la durée restant à courir jusqu'au terme de celui-ci.

Le conseil d'administration arrête les orientations générales des activités de l'établissement et délibère notamment sur les questions suivantes :

1. Approbation du projet de tableau national de répartition des bandes de fréquences entre les administrations et les autorités affectataires et catégories de services auxquels sont destinées ces bandes ;
2. Proposition du mandat et de la composition de la délégation française aux conférences internationales traitant de radiocommunications ;
3. Approbation du programme des activités et des investissements de l'Agence ;
4. Approbation du budget de l'Agence et des modifications au budget qui comportent soit une augmentation des dépenses, soit une diminution des recettes, soit des virements de crédits entre les sections des opérations en capital et la section de fonctionnement ;
5. Approbation du rapport annuel d'activité ;
6. Approbation du compte financier ;
7. Fixation et affectation des résultats de l'exercice ;
8. Approbation de l'organisation générale de l'établissement ;
9. Approbation des conventions mentionnées au 11º de l'article R. 52-2-1 ;
10. Fixation des conditions dans lesquelles les projets de marchés, d'aides au réaménagement du spectre et de conventions sont soumis à son approbation ;
11. Approbation des projets de constructions, d'achats ou ventes d'immeubles, constitution d'hypothèque ou de droits réels, projets de baux et locations d'immeubles ;
12. Acceptation ou refus des dons et legs ;
13. Fixation des conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération du personnel contractuel ;
14. Formation et composition de commissions consultatives compétentes dans le cadre des différentes missions de l'Agence ;
15. Approbation des conventions passées avec des personnes publiques ou privées relatives aux conditions de versements et de réutilisation des contributions au réaménagement du spectre.

Le conseil d'administration peut donner au directeur général de l'Agence délégation pour exercer, au nom de l'établissement, les compétences qui lui sont dévolues, à l'exception de celles mentionnées aux 1º, 3º à 10º et 12º à 14º de l'article R. 52-2-4. Il précise les conditions de cette délégation et peut, notamment, subordonner l'exercice de la compétence déléguée à la réunion de l'une des commissions consultatives prévues au 14º du même article.
Le conseil d'administration se réunit sur convocation de son président, aussi souvent qu'il est nécessaire et au moins trois fois par an. Le président est tenu de convoquer le conseil d'administration si le Premier ministère, le ministère chargé des communications électroniques ou le tiers de ses membres le demande. Il fixe l'ordre du jour des séances.
Sauf en cas d'urgence, le lieu, la date et l'ordre du jour des séances sont portés au moins deux semaines à l'avance à la connaissance des membres du conseil d'administration et du contrôleur financier. Le directeur général de l'Agence, le contrôleur financier et l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative. Le président peut également appeler à participer aux séances avec voix consultative toute personne dont il juge la présence utile pour l'étude d'un point particulier de l'ordre du jour.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la majorité des membres sont présents ou représentés. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai minimum de huit jours et un délai maximum de vingt jours. Il délibère alors sans condition de quorum.
La voix du président du conseil d'administration est prépondérante.
Les délibérations font l'objet de procès-verbaux signés par le président et notifiés aux membres du conseil et au contrôleur financier dans le mois qui suit la séance.
Le conseil d'administration délibère à la majorité des membres présents ou représentés. Lorsque la délibération porte sur les points mentionnés aux 1º et 2º de l'article R. 52-2-4 ainsi que sur la délégation donnée au directeur général, le président du conseil d'administration notifie au Premier ministère et à chacun des membres le projet de délibération adopté par le conseil tel qu'amendé pour tenir compte des observations exprimées. Ce projet de délibération devient définitif à l'issue d'un délai de quinze jours à compter de sa notification, sauf si le Premier ministère demande dans ce délai une nouvelle délibération du conseil d'administration.
Le conseil d'administration arrête son règlement intérieur. Les délibérations relatives aux questions mentionnées aux 4º, 6º, 7º, 11º, 13º et 15º de l'article R. 52-2-4 ne sont exécutoires qu'après avoir été approuvées par le ministère chargé du budget. En l'absence d'opposition de sa part, cette approbation est réputée acquise un mois après la réception par le ministère du procès-verbal des délibérations. Les autres délibérations sont exécutoires de plein droit. Cependant, le contrôleur financier peut faire opposition aux délibérations ayant des conséquences financières dans les quinze jours qui suivent la réception du procès-verbal de la séance.
Dans le cas où il forme opposition, le contrôleur financier en réfère immédiatement au ministère chargé du budget, qui doit se prononcer dans un délai d'un mois. À défaut de décision expresse dans ce délai, la délibération du conseil d'administration est exécutoire. Le conseil est informé de l'opposition du contrôleur financier.