L’Agence peut, à la demande des administrations et autorités affectataires et dans le cadre de conventions conclues avec elles, assurer tout ou partie de la gestion de leurs plans de fréquences et de leurs assignations, instruire les demandes d'autorisation, et délivrer les documents administratifs découlant de ces autorisations.

Ainsi dans le cadre d’une convention avec l’ARCEP renouvelée chaque année depuis 1998, l’Agence prépare les autorisations d’utilisation de fréquence (AUF) qui sont délivrées par l’ARCEP en application des articles L.42-1 et L.42-2 du code des postes et des communications électroniques. A ce titre, elle gère certaines parties du spectre attribué à l’ARCEP et instruit, prépare et envoie les autorisations de la compétence de l’ARCEP dans des bandes spécifiques.

Selon le type de réseau et de bande de fréquences, cette activité assurée par le pôle de Noiseau recouvre l’assignation des fréquences, leur coordination avec les autres affectataires, l’initialisation des procédures de coordination aux frontières, l’enregistrement à la CAF et l’application de la procédure COMSIS.

Pour le compte du ministre chargé des Communications électroniques, l’ANFR procède à l’ordonnancement des redevances de gestion et des redevances domaniales de mise à disposition dues par les titulaires d’autorisation d’utilisation de fréquences (AUF) délivrées par l’ARCEP, pour des fréquences assignées inférieures à 470 MHz.
Dans le cadre de la réglementation en vigueur :

• l’ANFR détermine les montants dus par les titulaires d’AUF et adresse le relevé de redevances correspondant ;
• La Direction générale des finances publiques est chargée d’émettre les titres de perception correspondants.

Le recouvrement au profit du budget de l’Etat est assuré par la Direction des créances spéciales du Trésor (située à Châtellerault).